Bảo vệ môi trường được xác định là mục tiêu hàng đầu, xuyên suốt trong việc ban hành các chủ trương, chính sách thu hút đầu tư vào tỉnh. Với phương châm thực hiện quy hoạch và triển khai xây dựng các KCN theo hướng đồng bộ từ hạ tầng thiết yếu cho đến các yêu cầu về bảo vệ môi trường như hệ thống xử lý chất thải, nước thải… nên công tác bảo vệ môi trường trong các KCN cơ bản được thực hiện bài bản ngay từ khi các doanh nghiệp được cấp phép hoạt động. Trong tổng số 10 KCN đi vào hoạt động, có 9 KCN xây dựng hoàn chỉnh hệ thống xử lý nước thải tập trung đạt chuẩn theo quy định; 1 KCN Hanaka đã xây dựng và lắp đặt xong thiết bị nhưng chưa đưa vào vận hành, do chưa có mặt bằng để thi công hệ thống thu gom nước thải về Trạm xử lý. Chủ đầu tư là Công ty cổ phần tập đoàn Hanaka đang có kế hoạch di dời KCN Hanaka sang KCN Gia Bình II. Đồng thời có 2 KCN mới đang triển khai xây dựng trạm xử lý nước thải tập trung: KCN Nam Sơn - Hạp Lĩnh; KCN Yên Phong II-C. 8 KCN đã được lắp đặt hệ thống quan trắc, giám sát môi trường tự động để theo dõi thường xuyên, liên tục chất lượng nước thải trước khi xả ra ngoài môi trường. Cơ bản các doanh nghiệp thứ cấp đều đầu tư hệ thống xử lý nước thải sơ bộ đạt tiêu chuẩn xả thải của KCN, đấu nối với hệ thống xử lý nước thải tập trung trong KCN để xử lý đạt Quy chuẩn trước khi xả ra môi trường. 100% các KCN đi vào hoạt động có báo cáo đánh giá tác động môi trường theo quy định. Các KCN cơ bản được Bộ Tài nguyên và Môi trường cấp Giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường. Đối với một số lĩnh vực sản xuất có nguy cơ gây ô nhiễm cao như: sản xuất hóa chất; sản xuất giấy; sản xuất sắt thép... cơ bản chấp hành tốt các quy định về bảo vệ môi trường như đều lập báo cáo đánh giá tác động môi trường; được xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường theo quy định; thuê đơn vị có chức năng thu gom, xử lý để xử lý chất thải nguy hại, hạn chế thấp nhất tình trạng ô nhiễm môi trường… Các yếu tố này cho thấy môi trường được bảo đảm song song với phát triển kinh tế, góp phần đưa Bắc Ninh trở thành cực tăng trưởng của vùng Thủ đô, vùng trọng điểm kinh tế Bắc bộ, nhanh chóng trở thành thành phố trực thuộc Trung ương.

Biến chất thải công nghiệp thành nguyên liệu phục vụ sản xuất ở Công ty cổ phần Môi trường Thuận Thành.

Cùng với việc yêu cầu các chủ đầu tư hạ tầng KCN trước khi đi vào hoạt động phải đầu tư xây dựng và tổ chức vận hành hệ thống xử lý nước thải bảo đảm chất lượng nước thải sau khi xử lý đạt Quy chuẩn môi trường cho phép và thực hiện đầy đủ, kịp thời các biện pháp xử lý khi phát hiện các chỉ tiêu vượt ngưỡng; lắp đặt hệ thống quan trắc, giám sát môi trường tự động để theo dõi thường xuyên, liên tục chất lượng nước thải trước khi xả ra ngoài môi trường...  tỉnh hướng trọng tâm thu hút đầu tư vào các lĩnh vực sản xuất công nghệ cao, công nghệ nguồn, gia tăng xuất khẩu; phát triển công nghiệp hỗ trợ… trên cơ sở chọn lọc các dự án theo tiêu chí “2 ít, 3 cao” (sử dụng ít đất, ít lao động; suất vốn đầu tư cao, đóng góp ngân sách cao và hàm lượng công nghệ cao). Đồng thời, hạn chế việc cấp đăng ký đầu tư đối với các lĩnh vực sản xuất, kinh doanh có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường; thu hồi đăng ký đầu tư đối với các đơn vị vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường… Tăng cường thanh tra, kiểm tra, giám sát các cơ sở sản xuất có nguy cơ gây ô nhiễm cao, xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm. Bổ sung, hoàn thiện các quy định pháp lý, chế tài mạnh như ngừng cung cấp điện, phong tỏa ngân hàng, thu hồi Giấy phép kinh doanh... nếu gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, nhằm quản lý chặt các cơ sở thuộc danh mục có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường cao. Tuyên truyền mạnh mẽ chính sách, pháp luật về bảo vệ môi trường đến các chủ đầu tư, doanh nghiệp, tạo sự đồng thuận cao trong thực hiện các giải pháp bảo vệ môi trường.
Hiện nay, tỉnh yêu cầu đẩy nhanh việc hoàn thành và đưa vào vận hành hệ thống xử lý nước thải tập trung KCN Hanaka theo quy định của Luật Môi trường; xây dựng quy chế phối hợp thực hiện các nhiệm vụ quản lý môi trường trong KCN, trong đó quy định cụ thể việc chia sẻ thông tin liên quan đến công tác quản lý môi trường giữa các sở, ban, ngành trên địa bàn tỉnh, bảo đảm các yếu tố môi trường bền vững, tạo sự phát triển vững mạnh.